Die Kosten für zertifiziertes Nachhaltiges Bauen können in zwei Segmente aufgeteilt werden: Die Kosten für Zertifizierung und die Herstellungskosten des Objekts (Baukosten). Zu den Zertifizierungskosten zählen die Steuerungs- und Koordinierungsleistungen der AuditorIn, sowie alle zu erbringende zusätzlichen Untersuchungen, wie Gebäudesimulationen, Bilanzierungen, zusätzliche Planungsleistungen (KG 700) und die Zertifizierungsgebühren. Hier liegen die Mehrkosten in einer breiten Spanne, je nach Projekt, zwischen 50.000 und 250.000 € netto. Strebt man eine BEG-Förderung durch die KFW Bank an, werden diese zu einem großen Teil durch Tilgungszuschüsse und Zuschüsse zu den genannten Leistungen amortisiert. (Effizienzhaus-Nachhaltigkeitsklasse) Anders sieht es im Verhältnis bei den eigentlichen Baukosten aus: Der World-Green-Building Council (WGBC) veröffentlichte 2013 eine Studie zu den Mehrkosten der Herstellungskosten von Green Buildings. Im Ergebnis ergab sich demnach eine Steigerung zwischen 0 % bis 12,5 % auf dem internationalen Markt und 11% für den deutschen Markt. Die Tendenz zum Sinken der Mehrkosten wurde bereits in dieser Studie erwähnt. Darauf aufbauend veröffentlichte die Hochschule Zittau/Görlitz 2014 eine weitere Studie, in welcher die mindestens erforderlichen Baukosten in Abhängigkeit von einer bestimmten BNB-Zertifizierungsstufe (Bronze, Silber, Gold) anhand eines Büro bzw. Verwaltungsgebäudes detailliert analysiert wurden. Das Ergebnis stellt eine Steigerung der Baukosten im Gold-Bereich zwischen ca. 1 % bis 2 % dar. Die Silber und Bronzezertifizierungen produzierten keine signifikante Baukostensteigerung. (Kostengruppen 300 und 400 der DIN 276) Das Bauunternehmen Davis Langdon kam zu ähnlichen Ergebnissen im amerikanischen LEED System. Die zusätzlichen Kosten für eine Silber- und Goldzertifizierung lagen bei +2 %, bei der Platinzertifizierung bei + 6,5%. Buus Consult veröffentlichte die Untersuchungsergebnisse zwischen Nachhaltigkeit und den Baukosten (DGNB System). Die Stichproben umfassten insgesamt 37 Gebäude, aufgeteilt in acht mehrgeschossige Wohnbauten, 21 Bürogebäude und acht Reihenhäuser. Drei der Gebäude sind mit DGNB Platin zertifiziert, 27 mit Gold und 7 mit Silber. Die Betrachtung der Gesamtkosten umfasst nicht nur die Kosten zur Errichtung des Gebäudes, sondern auch Kosten für den Betrieb und Instandhaltung, eventuellen Ersatz von Gebäudeteilen, Reinigung sowie Ausgaben für die Versorgung mit Energie und Wasser. (Gesamter Lebenszyklus, nicht nur KG 300 und 400 in der Herstellungsphase) Das Ergebnis der Studie stellt klar, dass bei Betrachtung des gesamten Lebenszyklus keine Kostensteigerung der KG 300 und 400 erkennbar sind. Einige, der im Rahmen der Studie betrachteten Gebäude mit den höchsten DGNB Bewertungen bzw. mit den geringsten CO2-Fußabdrücken, gehören zugleich zu denen mit den geringsten Baukosten .